Il Museo è un istituto periferico del Palazzo Ducale di Urbino-Direzione Regionale Musei delle Marche.
In continuo dialogo con la città e con il territorio circostante, conserva reperti provenienti dalle Marche centro-meridionali. Per questo si configura, sin dalla sua nascita, come vero e proprio Museo del Territorio con l’obiettivo, tra gli altri, di continuare idealmente la funzione del Civico Museo Archeologico. Quest’ultimo, nato su impulso del Comune, subito dopo l’Unità d’Italia nel 1861, deve la sua cura e il suo ampliamento all’ascolano Giulio Gabrielli, suo primo direttore.
Il primo cinquantennio del Novecento fu un periodo piuttosto travagliato poiché il Museo dovette più volte cambiare la propria sede.
Nel 1981 una Convenzione tra il Comune e la Soprintendenza stabilì che i materiali della collezione civica fossero valorizzati nel nuovo Museo Archeologico Statale, inaugurato il 13 giugno nel rinascimentale Palazzo Panichi. La raccolta fu, nel corso degli anni, ampliata grazie a nuovi scavi nella città e nel territorio contermine.
Il Museo ha il suo fulcro nella sezione picena (attualmente in riallestimento) con le sue scintillanti parures di gioielli in bronzo, ferro e ambra e le sue temibili armi. Al piano terra trovano spazio i resti della romana Asculum, dai monumenti iscritti in travertino al mosaico con maschera centrale bifronte. In allestimento, al secondo piano, la sezione preistorica.